فسفر یکی از پیش ماده‌های ضروری گیاه در سوخت و ساز انرژی، سنتز نوکلئوئیک اسیدها و غشاء می‌باشد. به منظور شناسایی مکانیزم‌های مولکولی درگیر در سازگاری برنج به کمبود فسفر از راهکار پروتئومیکس برای مقایسه ژنوتیپ حساس Nipponbare و لاین ایزوژنیک مقاوم به کمبود فسفر? NIL6-4 استفاده شد. این آزمایش با استفاده از طرح کاملا تصادفی با دو تیمار 1 و 100 میلی مولار پتاسیم دی هیدروژن فسفات در سه تکرارانجام گردید. پروتئین‌ها برگ پرچم استخراج شده و بوسیله الکتروفورز دو بعدی آنالیز گردیدند. در حدود 875 نقطه پروتئینی به طور تکرارپذیر بر روی ژل‌های 2-DE شناسایی شدند که از این تعداد 65 نقطه به طور معنی‌داری به شرایط کمبود فسفر در مقایسه با شرایط نرمال پاسخ دادند. آنالیز طیف سنجی جرمی پروتئین‌های پاسخ دهنده منتج به شناسایی 43 پروتئین گردید که این پروتیین‌ها در مکانیزم های دخیل در سازگاری به کمبود فسفر شامل فتوسنتز? مکانیزم‌های دفاعی? متابولیسم ثانویه? چرخه TCA? رونویسی? سنتز پروتیین? متابولیسم فسفر شرکت دارند. این پروتیین ها ممکن است در شناسایی تغییر غلظت فسفر خارجی و سازگاری با کمبود فسفر نقش مهمی داشته باشند.