آنالیز داده‌های چند متغیره در تحقیقات بوم‌شناسی و تنوع زیستی دارای اهمیت زیادی است. بوم‌شناسان اغلب، نیاز به آزمون فرضیاتی در رابطه با اثرات عوامل مورد آزمایش بر روی کل ترکیب جامعه دارند. برای آنالیز داده‌های چند متغیره، استفاده از روش‌های آماری کلاسیک، مبتنی بر فرضیاتی نظیر نرمال بودن توزیع داده‌ها‌ست که معمولا در داده‌های بوم شناسی رعایت نمی‌شوند. لذا در سال‌های اخیر آزمون‌های ناپارامتریک مبتنی بر جایگشت و ماتریس‌های عدم شباهت بطور گسترده برای آزمون وجود اختلافات در ترکیب گونه‌ای در علوم بوم شناسی مورد استفاده قرار گرفته است. هدف از این مقاله معرفی و آشنایی با آزمون‌های ناپارامتریک چند متغیره جدید مرتبط با علوم بوم‌شناسی نظیر آزمون‌های سیمپر، آنوزیم، پرمانوآ و پرمدیسپ، با هدف تجزیه و تحلیل ترکیب جوامع گیاهی است. به منظور معرفی این آنالیزها، از داده‌های پوشش گیاهی شش سایت مرتعی واقع در اراضی اطراف استان تهران استفاده شد و ترکیب جوامع گیاهی مناطق مذکور مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. آنالیز سیمپر نشان داد که گونه‌های Stipahohenackeriana و Bromustomentellus بترتیب دارای بیشترین سهم در ایجاد تمایز بین سایت‌های مورد مطالعه در مناطق خشک و نیمه خشک هستند. آنالیز‌های آنوزیم و پرمانوآ تفاوت معنی‌دار ترکیب پوشش بین سایت‌ها را نشان دادند. با توجه به نتایج این آزمون‌ها سایت‌های فیروزکوه-البرز، دماوند-سمنان و ساوه-سلفچگان تشابه بیشتری از لحاظ ترکیب پوشش گیاهی از خود نشان دادند. آنالیز پرمدیسپ نشان داد که ناهمگنی و پراکندگی چند متغیره پوشش گونه‌ها بطور معناداری در واحدهای نمونه‌برداری سایت‌های سلفچگان و ساوه بیشتر بود. بنابراین با توجه به نتایج می‌توان بیان کرد که به منظور حفظ تنوع زیستی در سایت‌های مورد مطالعه، حداقل نیاز به سه برنامه مدیریتی مجزا داریم. همچنین با توجه به نتایج آنالیز سیمپر، می‌توان برنامه‌های مدیریتی جهت حفظ تنوع زیستی مناطق مورد مطالعه، با حمایت از گونه‌های متمایز مشخص شده در هر سایت ارائه داد.