Статья посвящена исследованию научно-практической проблемы финансово-экономической безопасности, обеспечивающей устойчивое сбалансированное финансовое развитие региона, что обосновывает необходимость его достижения при эффективном использовании имеющихся ресурсов. Цель статьи заключается в выявлении и снижении уровня финансово-экономической безопасности регионов. Для достижения цели выполнены следующие задачи: усовершенствованы теоретико-методологические и прикладные основы, предложены методы и инструменты, сформирован механизм управления финансово-экономической безопасностью региона. Дано авторское понимание финансово-экономической безопасности как экономической категории. Раскрыты уровни финансово-экономической безопасности региона на примере хозяйствующего субъекта Российской Федерации Республики Крым. Применялась методология диалектического метода научного познания; системный и структурный методы применялись во время анализа сущности финансово-экономической безопасности, позволяющие разработать принципы управления. Научная новизна заключается в методологии расчета финансово-экономической безопасности, применении комплексного подхода, определении и снижении уровня угроз, разработке механизма, применяя методы и инструменты. Данные исследования позволили сделать комплексную оценку степени влияния внешних и внутренних факторов на уровень финансово-экономической безопасности региона для обеспечения эффективных управленческих решений. Выявлены принципиальные отличия теоретической аргументации и определены основные взаимосвязи и взаимозависимости финансовых, социально-экономических институтов, которые сопровождают развитие финансово-экономической системы и обеспечивают механизм ее функционирования. Практическое значение исследования заключается в применении комплексной методологии финансово-экономической безопасности развития региона, выявлении и оценке уровня угроз, применении инструментов, усовершенствовании механизмов управления, применяя гибкость и маневренность.