Выявлены и проанализированы системные несоответствия реализации дисциплины физической культуры и спорта в военных и гражданских вузах на основе федеральных государственных образовательных стандартов высшего образования, которые отрицательно сказываются на профессиональной компетентности выпускников. Сформулированы предложения по корректировке структуры учебного материала дисциплины.