Στόχος της παρούσας διατριβής ήταν η επίτευξη μίας πλατφόρμας επιτυχούς ανάλυσης δεδομένων πειραμάτων μικροσυστοιχιών. Η διαδικασία αναλύεται από το στάδιο της εισαγωγής των δεδομένων εντάσεων και συνεχίζεται στην εύρεση στατιστικά σημαντικών γονιδίων. Ακολουθεί η εξόρυξη βιολογικών δεδομένων, ώστε να καταστεί δυνατή η αντίληψη των λειτουργικών συσχετίσεων μεταξύ των στατιστικά σημαντικών γονιδίων και καταλήγει στην επεξήγηση των τρόπων meta-analysis των πειραμάτων ή των αποτελεσμάτων πειραμάτων μικροσυστοιχιών. Η σημαντικότητα της εργασίας ενισχύεται με δύο ακόμα τρόπους: Α. Παρουσιάζεται η χαρτογράφηση όλων των διαθέσιμων διαδικτυακών ή μη, προγραμμάτων, τα οποία διευκολύνουν την διεκπεραίωση όλων των σημαντικών σταδίων μιας ολοκληρωμένης ανάλυσης. Πρέπει να τονιστεί ότι έμφαση δίνεται ιδιαίτερα σε εκείνα της κατηγορίας ελεύθερου λογισμικού. Β. Παρουσιάζονται τέσσερα διαφορετικά πειράματα στα οποία χρησιμοποιήθηκε επιτυχώς η διαδικασία ανάλυσης και τα αποτελέσματά τους έχουν ήδη δημοσιευτεί είτε βρίσκονται υπό δημοσίευση. Έτσι αποδεικνύεται η χρηστικότητα της διαδικασίας ανάλυσης σε πραγματικά πειραματικά δεδομένα. Η διατριβή ολοκληρώνεται με την προβολή μεθόδων για την επίτευξη ακριβέστερων μετρήσεων γονιδιακής έκφρασης και αναφέρεται η συμβολή της τεχνολογίας μικροσυστοιχιών γονιδιακής έκφρασης στην βιοϊατρική έρευνα και στην εξατομικευμένη ιατρική