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双胚苗水稻中单倍体与二倍体基因表达芯片分析

Science in China Series C-Life Sciences (in Chinese)1 Jan 2008

NobleIDark:/48914/w1/20260515/C529EFE9DOI10.1360/zc2008-38-7-654

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Abstract

本研究运用基因芯片技术, 对双胚苗水稻SARⅡ-628品系中的单倍体及其对应二倍体的RNA水平的表达变化情况进行对比分析, 发现单倍化后基因表达迅速发生了不同程度的变异, 主要结果如下: (i) 单倍化后, 表达变化的序列占水稻总探针序列的2.47%, 随机分布在水稻的12条染色体上, 激活的序列数量多于沉默的; (ii) 有33个序列在染色体上的分布具有成簇分布的特点; (iii) 对单倍化中已经预测功能的575条序列进行功能分类, 发现都涉及了生物过程、细胞成份和分子功能这3个方面. SNF2家族中控制转录调节的位点表达下降居多; 与DNA重组修复相关的RAD54家族中只有2个位点分别发生了表达上升和降低的变化; (iv) 采用RT-PCR验证基因芯片的结果, 总体上83.78%序列表达结果与芯片结果相符; 任选7个极端(激活和沉默)表达方式的序列, 其表达结果与芯片相符率达到91.86%.

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