ลุ่มน้ำจันเป็นแหล่งน้ำที่สำคัญแหล่งหนึ่งของจังหวัดเชียงราย เป็นแหล่งน้ำที่ใช้ในการผลิตน้ำประปา และเป็นแหล่งอนุรักษ์พันธุ์ปลาน้ำจืดที่สำคัญแห่งหนึ่งของจังหวัดเชียงราย ด้วยเหตุนี้การสำรวจคุณภาพของแหล่งน้ำจึงมีความจำเป็นอย่างยิ่ง การสำรวจคุณภาพแหล่งน้ำของลุ่มน้ำจันครั้งนี้ แบ่งพื้นที่ในการศึกษาเป็นบริเวณต้นน้ำ กลางน้ำ และท้ายน้ำ เพื่อศึกษาการเปลี่ยนแปลงของคุณภาพน้ำตลอดลำน้ำในช่วงเวลาต่าง ๆ ผลการศึกษาพบว่า ลุ่มน้ำจันมีการปนเปื้อนของไนโตรเจน เนื่องจากทุกจุดเก็บตัวอย่างมีปริมาณไนเตรทอยู่ในช่วง 9-12 มิลลิกรัมต่อลิตร ซึ่งเกินกว่าค่ามาตรฐานที่กำหนดไว้ที่ 5 มิลลิกรัมต่อลิตร แต่ในพารามิเตอร์อื่น ๆ ที่ใช้เป็นตัวกำหนดคุณภาพประเภทของแหล่งน้ำ พบว่า บริเวณต้นน้ำมีคุณภาพน้ำจัดเป็นประเภทที่ 2 บริเวณกลางน้ำที่ไหลผ่านชุมชน พบว่า มีค่าบีโอดี (BOD) และค่าโคลิฟอร์มแบคทีเรียทั้งหมด (Total Coliform Bacteria) สูง ขึ้นอยู่ในระดับคุณภาพแหล่งน้ำประเภทที่ 5 และบริเวณท้ายน้ำ พบว่า ปริมาณบีโอดี และ ปริมาณโคลิฟอร์มแบคทีเรียทั้งหมดลดลง คุณภาพน้ำจัดอยู่ในประเภทที่ 4