В статье рассматриваются теоретические и методологические вопросы экономической цикличности и обосновываются методические подходы к диагностике аграрных кризисов в экономике Российской Федерации, основанные на системе критериев и индикаторов, характеризующих динамику экономической деятельности во временных рамках экономических циклов. Также рассмотрены вопросы теории экономической цикличности, так и возможности прикладного использования теоретических наработок, в том числе и путем формирования индикаторов системы критериев диагностики кризисов в аграрном секторе, обусловленных экономической цикличностью. Дан анализ условий функционирования сельского хозяйства России, сильных и слабых сторон, предложены методические подходы, позволяющие проводить диагностику аграрных кризисов в рамках отдельных групп критериев. Рассмотрены методики и методы диагностики негативных явлений в аграрном секторе.