В качестве информативного параметра агроэкологического биомониторинга показана возможность определения численности мицелиальных микроорганизмов. Микромицетный и актиномицетный комплекс серой лесной почвы изучался на минеральных и органоминеральных фонах различного уровня интенсификации в третьей и четвертой ротации 6ти польного севооборота по двум приемам основной обработки – отвальной вспашке на глубину 20-22см и плоскорезной энергосберегающей обработке на глубину 10-12см. Длительное внесение различных доз минеральных и органоминеральных удобрений приводят к изменению численности микромицетов и актиномицетов в серой лесной почве Верхневолжья. Биомасса микрогрибов уменьшалась на вариантах интенсивного и высокоинтенсивного использования удобрений до 85 % от общей биомассы микрофлоры. Численность микромицетов и актиномицетов, определяемая методом посева на твердые питательные среды, показала их приуроченность к вариантам, где вносился навоз одновременно в дозе 60 и 80 т/га на фоне ежегодного использования минеральных удобрений. Внесение органических удобрений приводило к росту численности микромицетов в 5-6 раз в первые два года последействия. Отрицательное действие многолетнего внесения высоких доз минеральных удобрений выражается не только в уменьшении численности грибных зачатков (до 30 тыс. КОЕ/1г почвы), но и снижении устойчивости микробной системы, доминированию микромицетов, имеющих большое количество фититоксичных видов. Достоверное снижение пула актиномицетов наблюдалось на минеральных фонах, где средние показатели варьировали от 4,8 до 5,4 млн. КОЕ/1г почвы. Комплекс почвенных мицелиальных микроорганизмов является информативным параметром биомониторинга серых лесных почв агроландшафтов.