В статье рассмотрены теоретические и прикладные аспекты реализации государственно-частного партнерства (ГЧП) в инфраструктурном комплексе железнодорожного транспорта. Обоснована необходимость применения адаптивных механизмов распределения ресурсов и интегральной оценки проектов с учетом реляционных эффектов. Предложена многоуровневая система управления ГЧП, включающая федеральный и региональный центры компетенций, а также автоматизированный программный комплекс для сбора, обработки и мониторинга проектных данных. Особое внимание уделено модели стимулирования частных инвесторов на основе отклонения фактических показателей от плановых и вычисления реляционного дохода. The article examines the theoretical and applied aspects of the implementation of public-private partnership in the railway transport infrastructure complex. The necessity of using adaptive mechanisms for resource allocation and integrated project evaluation, taking into account relational effects, is substantiated. A multi-level management system of public-private partnership is proposed, including federal and regional competence centers, as well as an automated software package for collecting, processing and monitoring project data. Special attention is paid to the model of stimulating private investors based on the deviation of actual indicators from planned ones and the calculation of relational income.