Целью исследования является разработка и актуализация рекомендаций по совершенствованию бухгалтерского учета и аудита автономных учреждений государственного сектора на основе анализа нормативной базы, учетной практики и аудиторских процедур. Задачи исследования: 1. рассмотреть теоретические основы бухгалтерского учета и аудита в организациях государственного сектора; 2. раскрыть особенности учета и аудита автономных учреждений; 3. провести сравнительный анализ российских СГС и международных подходов к учету в государственном секторе; 4. рассмотреть нормативно-методические основы государственного аудита и особенности контроля автономных учреждений; 5. проанализировать организацию бухгалтерского учета, отчетность и финансовое состояние автономного учреждения на материалах СПБПУ; 6. выполнить аудиторский анализ и выявить ключевые зоны аудиторского риска; 7. разработать рекомендации по совершенствованию аналитического учета, внутреннего контроля и аудита целевых поступлений и расходов; 8. обосновать эффективность предложенных мероприятий и возможность их применения в деятельности автономных учреждений государственного сектора. Актуальность темы исследования обусловлена реформированием бухгалтерского учета государственного сектора, внедрением федеральных стандартов бухгалтерского учета государственных финансов, усилением требований к прозрачности использования бюджетных средств и развитием риск-ориентированного подхода к аудиту. Для автономных учреждений особое значение имеют корректная классификация источников финансового обеспечения, учет доходов будущих периодов, расчетов с учредителем, целевых субсидий и грантов. Ошибки в этих областях могут искажать отчетность и снижать обоснованность аудиторских выводов. Научная новизна исследования заключается в развитии методического подхода к анализу бухгалтерской отчетности и аудиту автономных учреждений. В работе обоснована необходимость создания комиссии по расходам целевых средств, создания регистра по учету КФО и двухконтурной интерпретации финансовых показателей: с применением традиционных коэффициентов и с учетом специфики доходов будущих периодов, расчетов с учредителем, целевых поступлений и КФО. В работе использованы методы анализа и синтеза, сравнительного и нормативно-правового анализа, горизонтального, вертикального и коэффициентного анализа, группировки, корреляционного анализа, риск-ориентированного подхода, аудиторской выборки, расчета уровня существенности и оценки системы внутреннего контроля. По результатам исследования предложены рекомендации по совершенствованию бухгалтерского учета и аудита автономных учреждений: развитие аналитического учета по КФО и видам целевых средств, усиление контроля классификации грантов, субсидий и договорных поступлений, расширение процедур внутреннего аудита целевых поступлений и расходов. Практическая значимость исследования состоит в возможности применения предложенных рекомендаций в деятельности автономных учреждений для повышения достоверности бухгалтерской информации, снижения риска ошибочной классификации целевых средств, улучшения внутреннего контроля и повышения обоснованности аудиторских выводов. Разработанные подходы могут использоваться бухгалтерскими службами, внутренними и внешними аудиторами, ревизионными комиссиями и органами финансового контроля.