تهدف هذه الدراسة إلى تأسيس منهجية «التشريح النفسي القرآني» إطارًا تحليليًا لقراءة آليات النفس البشرية في الخطاب القرآني، وبناء أداة تحليلية منبثقة عنها، وتطبيقها استقرائيًا على سورة التوبة. واعتمدت المنهج الاستقرائي التحليلي القائم على تحليل المضمون الكيفي بالترميز الموضوعي للآيات، مستثمرةً التراث الإسلامي (ابن القيم، والغزالي، وابن رجب، وابن عاشور)، والتأصيل الحديث (بدري، ونجاتي، والصنيع)، والنماذج النفسية الغربية. وتقوم على ثلاثة مكوّنات متكاملة: التأصيل المنهجي والإبستمولوجي لأداة قراءة ثلاثية الطبقات (الشاهد القرآني، والآلية النفسية المستنبطة، والمقابل الأكاديمي)؛ وبناء أداة تحليل مضموني وتحكيمها وتقنينها بإجراءات صدق المحتوى (لوشي، وبوليت وبِك) وثبات اتفاق المحكّمين (كابا لكوهين، وألفا لكريبندورف)؛ والمسح الاستقرائي التحليلي لستة مجالات نفسية في سورة التوبة هي: النفاق، والخوف، والندم، والثقة والخيانة، والدفاعات النفسية، والتوبة. وخلصت الدراسة إلى أن المنهجية قابلة للتأصيل والتأطير الإجرائي بشرط ضبطها بموقف إبستمولوجي تكاملي قائم على مبدأ «الأولوية الدلالية للمصطلح القرآني»، وأن البِنى النفسية القرآنية تتقاطع وصفيًا مع النماذج الغربية، لكنها تفترق عنها في الغائية والمرجعية والبعد المتعالي. وأوصت بتطوير الأداة عبر التحليل العاملي الاستكشافي والتوكيدي، وتطبيقها على سور أخرى، مع التحذير من مخاطر الإسقاط والاختزال والانتقائية.